Национальный удостоверяющий центр образован в 2000 году государственным унитарным предприятием Научно-технический центр «Атлас» и двумя крупнейшими банками - акционерным коммерческим банком «Банк внешней торговли» (Внешторгбанк) и Банком внешнеэкономической деятельности СССР (Внешэкономбанк).
На протяжении ряда лет деятельность Национального удостоверяющего центра была направлена на достижение целей, прописанных в его Уставе, среди которых развитие и обеспечение функционирования системы электронного документооборота во всех сферах хозяйственной деятельности и гражданского оборота, обеспечение максимально широкого доступа к ней граждан и организаций, защита прав и законных интересов всех пользователей системы электронного документооборота, разрешение споров и конфликтов между ними.
Новый этап в деятельности организации начался в 2005 году, когда Национальный удостоверяющий центр организовал сеть центров регистрации, развернув аппаратно-программные комплексы в Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде, Ростове-на-Дону, Екатеринбурге и Новосибирске. В 2007 году создан центр регистрации в Хабаровске.Сеть представительств центра в регионах постоянно расширялась. В настоящее время разветвленная сеть Точек выдачи в субъектах Российской Федерации позволяет клиентам Национального удостоверяющего центра оперативно получать сертификаты ключей проверки электронной подписи в своем регионе.